＞他所のＳＥＯ業者は、はっきり言って信用する気にもならなかったのですが、（書いてあることが曖昧だったり、被リンクだけのサービスだったり）

SEO業者である私の視点で見ると「サービス提供後に被リンクを外すのか外さないのか」が殆どの被リンクサービスやSEOサービスでは明確化されていない点が目に付きます。
サービス提供後に被リンクを外すようなサービスであれば、利用価値はゼロだと言えます。

また、SEO業者や被リンク業者にはSEOに関して無知な業者も多いので、貴殿自身がある程度SEO知識を身につけていないと、彼らのサービスから力を引き出すのは難しくなります。
SEO業者や被リンク業者の被リンクを「軍隊」に例えるならば、それらの軍隊を適切に動かしそこから大きな力を引き出す高度な「用兵」能力が必要になります。

SEOでも、成功するには兵法や用兵能力が必要になります。

購買目的キーワードのSEOは「戦争」です。
戦争で勝つのは通常、個人では無く「組織」です。
組織の力を使いこなせる者が戦争では勝ちますが、SEOでも同じです。

激戦区の上位サイトをご覧頂ければ分かると思います。
皆、「組織のSEO」を使いこなしております。

SEO集客で成功する為のポイントの一つは『「個人のSEO」と「組織のSEO」の使わけに熟練する事」です。
個人のSEOと組織のSEOを適切に使い分けられるようになれば、確実に成功するでしょう。

＞可能であれば、全ての環境できれいに見られるサイトを目指したいのですが、アドバイスがございましたら、よろしくお願い致します。

レイアウトの崩れは無いと思います。
以前指摘したのは、レイアウト崩れの話では無く、HTMLソースそのものの話です。
HTMLソースはHTMLタグで記述して作りますが、その「HTMLソースの上部に各ページのコンテンツが来るようにした方が若干SEO上プラスです」という話です。
技術的に貴殿ご自身でJavascriptやCSSの外部ファイル化が可能であれば、行って損は無いですが難しい場合はそのままで結構です。
上位表示における優先度・重要度は低いので今のままでも問題はありません。

JavascriptやCSSを外部ファイル化して頂ければ、HTMLソース内のheadセクションに記述したCSSやJavascriptソースが消えますのでその分だけbodyセクションに記述したテキスト群がHTMLソースの上部へと押し上げられます。
HTMLソースの上部程、検索エンジンが重視する点に今も変わりは無い為、CSSとJavascriptの外部ファイル化により若干bodyセクションに記述したテキスト部分の重みが増します。
テキスト部分には通常キーワードも多数含むと思いますので、重みが増した分だけキーワードでの貴URLの検索順位は上がります。

しかし、外部被リンクから得られる上位表示効果と比べると外部ファイル化で得られる上位表示効果は小さい為、時間が限られているのであれば外部被リンク対策に時間を割いた方が得策と言えます。