＞可能であれば、全ての環境できれいに見られるサイトを目指したいのですが、アドバイスがございましたら、よろしくお願い致します。

レイアウトの崩れは無いと思います。
以前指摘したのは、レイアウト崩れの話では無く、HTMLソースそのものの話です。
HTMLソースはHTMLタグで記述して作りますが、その「HTMLソースの上部に各ページのコンテンツが来るようにした方が若干SEO上プラスです」という話です。
技術的に貴殿ご自身でJavascriptやCSSの外部ファイル化が可能であれば、行って損は無いですが難しい場合はそのままで結構です。
上位表示における優先度・重要度は低いので今のままでも問題はありません。

JavascriptやCSSを外部ファイル化して頂ければ、HTMLソース内のheadセクションに記述したCSSやJavascriptソースが消えますのでその分だけbodyセクションに記述したテキスト群がHTMLソースの上部へと押し上げられます。
HTMLソースの上部程、検索エンジンが重視する点に今も変わりは無い為、CSSとJavascriptの外部ファイル化により若干bodyセクションに記述したテキスト部分の重みが増します。
テキスト部分には通常キーワードも多数含むと思いますので、重みが増した分だけキーワードでの貴URLの検索順位は上がります。

しかし、外部被リンクから得られる上位表示効果と比べると外部ファイル化で得られる上位表示効果は小さい為、時間が限られているのであれば外部被リンク対策に時間を割いた方が得策と言えます。